Jednak w połowie V wieku szachowie perscy, widząc możliwość podporządkowania sobie chrześcijan mieszkających w Persji, zaczęli popierać rozwój nestorianizmu: przyjęli pod swoją opiekę nestorian uciekających z terytorium Rzymu (462), zgładzili prorzymskiego patriarchę Babowai, w miejsce którego w 484 roku został wybrany nestorianin Bar Sauma, biskup Nisibisu; zgodzili się także na przeniesienie z Edessy nestoriańskiej szkoły teologicznej zlikwidowanej przez cesarza Zenona w 489 roku. Już kilka lat wcześniej, w 484 i w 486 roku, kolejne synody przyjęły chrystologię Teodora z Mopsuestii, co ostatecznie potwierdził patriarcha Babaj na kolejnym synodzie w 497 roku. W ten sposób Kościół Wschodu przyjął nieco zmienioną doktrynę nestorianizmu. Do dziś jego doktorami i świętymi pozostają Teodor z Mopsuestii wraz z Nestoriuszem i Diodorem z Tarsu.
Pod koniec VI wieku ówczesny rektor szkoły nisibiskiej Henana z Adiabeny usiłował zastąpić nauczanie Teodora z Mopsuestii własną doktryną, opartą na naukach Orygenesa. Jednak Babaj Wielki, jeden z doktorów kościoła nestoriańskiego, nie dopuścił do przyjęcia doktryny Henany. Sformułował natomiast własną systematyczną teologię, przetwarzając dość znacząco tezy Teodora z Mopsuestii.