W 1999 r. szpital z jednostki budżetowej stał się Samodzielnym Publicznym Zakładem Opieki Zdrowotnej (SPZOZ) i otworzył podwoje dla wszystkich pacjentów, nie tylko resortowych. W zakresie lecznictwa otwartego na bazie Polikliniki utworzono 13 gabinetów lekarzy podstawowej opieki zdrowotnej oraz system zabezpieczenia medycznego personelu i rodzin Centrum Szkolenia Sił Połączonych NATO. W 1999 r. eksperci NATO uznali bydgoski szpital wojskowy za jedyny w północnej Polsce, który spełniał standardy medyczne PaktuDługosz Jerzy: Osiągnięcia bydgoskiej medycyny, [w:] Kalendarz Bydgoski 2000.. Poszerzono zakres działania m.in. o szpitalny oddział ratunkowy połączony z oddziałem anestezjologii i intensywnej terapii. Szpital zyskał również Pracownię Genetyki Klinicznej. W placówce utworzono również skadrowany Szpital Operacji Pokojowych, a od 2011 r. 1. Wojskowy Szpital Polowy (z co najmniej 50 łóżkami, intensywną terapią i salą operacyjną z 2 stołami)Wojsko ma nowoczesny szpital na kółkach. Tak wygląda., którego personel był przygotowany na wyjazd w wyznaczony rejon działania sił ONZ. Lekarze i pielęgniarki tego szpitala brali udział m.in. w misjach stabilizacyjnych na środkowym Wschodzie, w Iraku i Afganistanie.