Reformy w tym zakresie zostały zatwierdzone przez sobory Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego w latach 1654–1658.

Nieoczekiwany opór wobec reformy liturgicznej, którą część duchowieństwa i wiernych odrzuciła, widząc w niej zamach na uświęconą rosyjską tradycję, zniechęcił Nikona do jej kontynuowania. Chociaż utrzymano w mocy klątwy soborów rzucone na zwolenników starych obrzędów, patriarcha de facto pogodził się z równoległym funkcjonowaniem poprawionych tekstów liturgicznych oraz tych sprzed reformy. Równocześnie pogarszały się, początkowo doskonałe, relacje między carem a patriarchą. Spór ten osiągnął apogeum w 1658. W efekcie Nikon demonstracyjnie ogłosił zaprzestanie pełnienia obowiązków patriarchy, bez zrzeczenia się tytułu, opuścił Moskwę i zamieszkał we wzniesionym na swoje polecenie monasterze Nowe Jeruzalem w Istrze. W ciągu kolejnych ośmiu lat Rosyjski Kościół Prawosławny był zarządzany przez tymczasowego administratora – metropolitę krutickiego Pitirima.