14 października tegoż roku (w święto Opieki Matki Bożej) cerkiew została konsekrowana.
W okresie okupacji hitlerowskiej sanktuarium nie było odwiedzane ze względu na bliskość granicy Generalnego Gubernatorstwa i Słowacji, co praktycznie uniemożliwiało dostęp do tego terenu.
Po wojnie, w wyniku wysiedlenia miejscowej ludności łemkowskiej w ramach Akcji „Wisła” (1947), opustoszałą świątynię przejęły Wojska Ochrony Pogranicza. W budynku cerkwi urządzono strażnicę, a wyposażenie wnętrza spalono (udało się uratować tylko jedną ikonę). Od 1956, tj. od rozpoczęcia powrotu Łemków na ojcowiznę, czyniono starania o odzyskanie świątyni, jednak nastąpiło to dopiero w 1969. Cerkiew została odremontowana i na nowo wyposażona, przy wydatnej pomocy Łemków z USA. Świątynia weszła w skład parafii św. Michała Archanioła w Wysowej-Zdroju (Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego).
Po wieloletnich sporach sądowych, cerkiew została ostatecznie przyznana grekokatolikom (2017)Strona archidiecezji przemysko-warszawskiej – Cerkiew na św. Górze Jawor powróciła... [dostęp: 10.04.2017.].