Wykazano, że różni się on istotnie od biosyntezy cząsteczek miRNA i siRNA, prezentując jednak wiele podobieństw do szlaku syntezy małych interferujących czynników trans-rasiRNA, które mogą stanowić podklasę piRNA.
Charakterystyczne cechy piRNA frame|right|Struktura piRNA długość między 26 a 32 nukleotydów biogeneza niezależna od białka dicer, amplifikacja piRNA według modelu „ping-pong” tworzenie kompleksów piRNA-białka piwi: HILI, HIWI1, HIWI2 (człowiek), MILI, MIWI, MIWI2 (mysz), Piwi, Aubergine, Ago3 (muszka owocowa), RG-1 (nicień Caenorhabditis elegans) udział w wyciszaniu transpozonów i powtórzeń DNA, u ssaków także w metylacji DNA sekwencji transpozonowych brak wspólnego motywu sekwencji (niski konserwatyzm sekwencyjny) brak wspólnego motywu II-rzędowej struktury przestrzennej cząsteczek piRNA zidentyfikowano w komórkach zwierząt: bezkręgowców i kręgowców, różne gatunki charakteryzuje często odmienna biogeneza i różny model działania, przy zachowaniu tej samej funkcji cząsteczek piRNA, jak dotąd (2012), w komórkach ssaczych poznano setki tysięcy różnych piRNA, a powstanie tak dużej liczby tych cząsteczek może być związane z niewielkim konserwatyzmem sekwencji tych cząsteczek, gdzie w komórkach myszy opisano ponad 50 000 a w komórkach muszki owocowej ponad 13 000 różnych sekwencji piRNA cząsteczki piRNA