Klasztor w Rywałdzie pełnił funkcję typowego obozu przejściowego. Tylko nieliczni jego więźniowie zostali jednak zwolnieni do domów. Wielu Polaków po krótkim pobycie w klasztorze deportowano do obozów koncentracyjnych – m.in. do Stutthofu i Sachsenhausen. Blisko 200 więźniów zostało rozstrzelanych w lesie koło Starej Rudy pod Radzyniem. Jesienią 1939 zamordowano tam licznych mieszkańców Radzynia, Rywałdu, Blizienka, Zielnowa, Blizna i Starej Rudy. Ponadto pewną liczbę więźniów zamordowano poza powiatem grudziądzkim – m.in. w Łopatkach pod Wąbrzeźnem oraz w Klamrach (powiat chełmiński). Spośród dziewięciu uwięzionych w obozie duchownych czterech rozstrzelano w Klamrach, dwóch zginęło w obozie koncentracyjnym Sachsenhausen, a trzech zwolniono.
Jesienią 1939 roku egzekucje miały również miejsce w innych miejscowościach w pobliżu Radzynia: na polu przy szosie z Jabłonowa do Płowęża miejscowy oddział Selbstschutzu rozstrzelał 40 mieszkańców Nowej Wsi, Jabłonowa i okolic. Zbrodnia miała miejsce we wrześniu 1939. Ciała ofiar ekshumowano w 1940 i wywieziono w nieznanym kierunku; w drugiej połowie października 1939 Niemcy rozstrzelali w Gołębiewie 11 Polaków przywiezionych z obozu w Rywałdzie.