Po 24 latach małżeństwa Harris opuścił swoją żonę Trixie i trójkę dzieci i ożenił się z Bess Housser. Gdy rodzina Trixie w odwecie zagroziła oskarżeniem go o bigamię, Harris i Bess musieli opuścić swój dom i zmienić miejsce pobytu.
W 1940 roku Harris przeniósł się do Vancouver w prowincji Kolumbia Brytyjska, gdzie spędził resztę życia. Kontynuował malowanie obrazów abstrakcyjnych. W swoich dziełach z tego okresu zgłębiał tajniki abstrakcji inspirowanej rytmami natury. Jego rozwój artystyczny był ściśle związany z jego wiarą w teozofię. Poprzez abstrakcyjne obrazy, takie jak Abstract Painting No 20, z których wiele wykorzystuje formę pejzażu, starał się przedstawić wiążącą i uzdrawiającą koncepcję wszechświata, żeby rzeczy wzniosłe uczynić widocznymi. Jego obrazy były krytykowane jako zimne, ale w rzeczywistości odzwierciedlają one głębię duchowego zaangażowania artysty. Płótna takie jak Lake and Mountains (1927–1928) czy niektóre z jego obrazów abstrakcyjnych stały się symbolami malarstwa kanadyjskiego.
W 1969 Harris został odznaczony Orderem Kanady.
Zmarł w Vancouver 29 stycznia 1970 jako uznany artysta kanadyjski. Został pochowany na małym cmentarzu na terenie galerii McMichael Canadian Art Collection.