Przed 1979 rokiem na podstawie badań morfologicznych wykazano, że oba gatunki są sympatryczne i stanowią pół-gatunki (w trakcie rozchodzenia się). Badania kariotypu i białka potwierdziły ich pełny status gatunkowy, a sekwencje mtDNA ujawniły, że reprezentują one raczej starożytne linie rodowe, które rozdzieliły się około 8,1 milionów lat temu. Sekwencje trzech genów mtDNA ujawniły dwie grupy filogenetyczne w obrębie M. pallidus, które wydają się reprezentować morfologicznie ukryte gatunki: klad zachodni (podgatunki pallidus i restrictus) i klad wschodni (podgatunki ammophilus, purus i ruficollaris). Klad wschodni geograficznie prawie całkowicie pokrywa się z kladem centralnym M. megacephalus. Granica między dwoma kladami M. pallidus ściśle pokrywa się z zachodnim skrajem głównego rozmieszczenia kladu środkowego M. megacephalus. Autorzy Illustrated Checklist of the Mammals of the World rozpoznają pięć podgatunków.
Etymologia Microdipodops: mikros „mały”; rodzaj Dipodops (szczuroskoczek). pallidus: „blady, ziemisty”, od pallere „być bladym”. ammophilus: gr. αμμος ammos „piasek”;