W tym czasie stworzył freski w Soborze świętego Włodzimierza w Kijowie, w Soborze Zmartwychwstania Pańskiego w Petersburgu i w kościele „Nowa Zarzma” (Akhali Zarzma) w Gruzji. Tworzył również ikony. Po rewolucji październikowej tworzył głównie malarstwo portretowe. Uwieczniał m.in. intelektualistów rosyjskich, których władze bolszewickie wydaliły później z kraju „Statkiem filozofów” w 1922 roku. W 1938 roku sam został na krótko aresztowany – spędził dwa tygodnie w więzieniu na Butyrkach. Jednak po rehabilitacji, w 1941 został laureatem Nagrody Stalinowskiej. Najwięcej dzieł Nestierowa znajduje się w kolekcjach Państwowego Muzeum Rosyjskiego w Petersburgu, w moskiewskiej Galerii Trietiakowskiej, część w zbiorach prywatnych.
Wybrane dzieła Pustelnik (Пустынник) (1889) Widzenie chłopca Bartłomieja (Видение отроку Варфоломею) (1889) Z biciem dzwonów (Под благовест) (1895) W górach (На горах) (1896) Dzieła świętego Sergiusza (Труды преподобного Сергия) (1896) Młodość świętego Sergiusza (Юность преподобного Сергия) (1897) Wielkie postrzyżyny (Великий постриг) (1897) Portret E.P. Nestierowej (Е. П. Нестерова) (1905) Święta Ruś (Святая Русь) (1905) Na Rusi (На Руси) (1914-1916) Filozofowie Pawieł Fłorienski i Siergiej Bułgakow (Философы) (1917) Portret Iwana Pawłowa (Портрет И.П.