Wielkie wrażenie zrobiły na nim pisma Lwa Tołstoja, którego poglądy Gapon zaczął szerzyć wśród innych seminarzystów. Kiedy prefekt seminarium dowiedział się o jego zachowaniu, Gapon zrzekł się otrzymywanego stypendium i zaczął dorabiać jako prywatny korepetytor. Odwiedzanie w ten sposób rodzin z różnych środowisk utwierdziło go w przekonaniu o nędzy i ucisku ludu rosyjskiego, wiele przebywał w kręgach włóczęgów i biedoty. Po ukończeniu seminarium miał zamiar podjąć studia medyczne, do czego ostatecznie nie doszło, gdyż otrzymana w seminarium niska ocena z zachowania uniemożliwiła mu wstąpienie na uniwersytet. Utrzymywał się z pracy korepetytora oraz statystyka w ziemstwie.
Ożenił się z córką kupca z Połtawy, pobożną kobietą, która tak jak on pragnęła działać na rzecz najuboższych. Ona też przekonała go, by przyjął święcenia kapłańskie. Z małżeństwa tego urodziło się dwoje dzieci. Przy drugim porodzie (według innego źródła - wskutek choroby) żona duchownego zmarła, co skłoniło go do porzucenia dotychczasowego środowiska i wyjazdu do Petersburga w celu uzyskania wyższego wykształcenia teologicznego. Zdał egzamin wstępny do Petersburskiej Akademii Duchownej, jednak z powodu złego stanu zdrowia musiał przerwać studia i udać się na leczenie na Krym.