W 1781 roku korzystający z protekcji króla Karola III Zakon franciszkanów zamówił siedem obrazów mających zdobić ołtarze Kościoła San Francisco el Grande, a ich wykonanie zlecono siedmiu znanym malarzom epoki. Wśród wyróżnionych niewątpliwym zaszczytem artystów znalazł się Francisco Bayeu oraz: Francisco Goya, Mariano Salvador Maella, Gregorio Ferro, Andrés de la Calleja, Antonio González Velázquez i José del Castillo. Malowidła powstały w latach 1781–1783.
W 1759 ożenił się z Juaną Sebastianą Merklein, córką swojego nauczyciela. Malarzami byli również dwaj jego bracia: Ramón Bayeu (1746–1793) – malarz fresków (m.in. w trzech kopułach bazyliki Nostra Señora del Pilar w Saragossie). W 1766 wygrał konkurs na członka Akademii San Fernando w Madrycie. Od 1773 wykonywał 35 projektów gobelinów dla Królewskiej Manufaktury Tapiserii (obecnie znajdują się w Prado). W 1786, wraz z Goyą, został mianowany malarzem królewskim. Manuel Bayeu (1740–1809) – zakonnik-kartuz (wstąpił do zgromadzenia w 1760). Malował freski m.in. w kościołach San Francisco i San Gil w Saragossie oraz w katedrze w Jace.