Około 1270-1290 w Paradyżu rozpoczęto budowę świątyni. Trwała ona ponad sto lat. Kościół wznoszony był w stylu gotyckim, w pierwotnym założeniu na planie krzyża, jednak po ukończeniu naw i części transeptu świątynię skrócono zamurowując wschodnie arkady międzynawowe. Poświęcenie kościoła odbyło się w 1397. Otrzymał on, jak większość świątyń cysterskich, wezwanie Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny oraz św. Marcina.
O szybkim rozwoju opactwa i jego dochodów świadczy założenie już około 1280 pierwszej filii opactwa w Wieleniu (po translokacji opactwo to funkcjonowało w Przemęcie). Założenie filii świadczyło też o szybkim wzroście liczby mnichów w paradyskim klasztorze. Umieli oni zaskarbić sobie przychylność wszystkich władców ziem, na których działali, od Władysława Odonica aż do Henryka głogowskiego i Władysława Łokietka.
Intensywny rozwój opactwa trwał do końca XIV wieku, natomiast wiek XV był okresem rozwoju kulturalnego i intelektualnego opactwa. W opactwie zgromadzono księgozbiór, zaliczany do najliczniejszych w Polsce. Z tego okresu z paradyskiego opactwa wywodził się najwybitniejszy z ówczesnych cystersów, Jakub z Paradyża, autor kilkudziesięciu prac z zakresu mistyki, ascetyki, reformy kościelnej.