9 lipca 2016 na jubileuszowej gali UFC 200 miał zmierzyć się w swojej drugiej obronie pasa z Jon Jonesem jednak do rewanżu nie doszło z powodu wpadki dopingowej Jonesa na dwa dni przed zaplanowanym pojedynkiem. Jego miejsce zajął były wieloletni mistrz wagi średniej Brazylijczyk Anderson Silva, którego Cormier ostatecznie pokonał wyraźnie na punkty. Walka nie miała statusu mistrzowskiego.
8 kwietnia 2017 na UFC 210 pokonał w rewanżowej walce Anthony'ego Johnsona przez poddanie w drugiej rundzie, broniąc tym samym drugi raz mistrzostwo wagi półciężkiej.
29 lipca 2017 na UFC 214 doszło do długo oczekiwanego rewanżu z Cormiera z Jonesem. Ostatecznie Cormier przegrał pojedynek przez nokaut w trzeciej rundzie, tracąc mistrzostwo na rzecz Jonesa.
22 sierpnia 2017 amerykańskie media branżowe poinformowały o ponownym naruszeniu polityki antydopingowej przez Jonesa. 13 września 2017 USADA potwierdziła, że w próbce Jonesa którą oddał zaraz przed galą UFC 214 znaleziono zabronioną substancję – turinabol. W związku z recydywą Komisja Sportowa Stanu Kalifornia ukarała Amerykanina odebraniem pasa mistrzowskiego który wrócił do Cormiera oraz zmianą wyniku walki na nierozstrzygnięty.