Od 1995 festiwal organizuje Warszawska Fundacja Filmowa. WMFF należy do CentEast (Stowarzyszenie Festiwali Filmowych Europy Środkowej i Wschodniej), którego istnienie zapoczątkował w 2001. W tym samym roku uzyskał też akredytację FIAPF (Międzynarodowa Federacja Stowarzyszeń Producentów Filmowych).
Warszawski Festiwal Filmowy jest akredytowany przez FIAPF jako międzynarodowy festiwal konkursowy. Na świecie istnieje obecnie czternaście festiwali posiadających tę akredytację, w tym m.in. Cannes, Berlin, Wenecja, Tokio i San Sebastián.
W 2005 po raz pierwszy przedstawiciele FIPRESCI (Międzynarodowa Federacja Krytyków Filmowych) wybierali na WMFF-ie najlepszy film z regionu Europy Środkowo-Wschodniej.
W 2025 roku festiwal przeszedł szeroko zakrojoną reformę programową, organizacyjną i wizualną, wprowadzając nowe sekcje, odświeżoną identyfikację oraz rozszerzoną infrastrukturę pokazów, co zapoczątkowało nowy etap rozwoju wydarzenia.
Sekcje festiwalu NOWE SEKCJE WPROWADZONE W 2025 ROKU (41. WFF)