Cook został usunięty z Foreign Office po wyborach w 2001 r. Otrzymał wówczas stanowiska przewodniczącego Izby Gmin i Lorda Przewodniczącego Rady. Od maja 2001 do kwietnia 2004 był przewodniczącym Partii Europejskich Socjalistów. 17 marca 2003 zrezygnował z funkcji rządowych w proteście przeciwko inwazji na Irak, nie chcąc przyjmować zbiorowej odpowiedzialności za decyzję o włączeniu Wielkiej Brytanii w działania wojskowe w Iraku, bez międzynarodowej zgody i poparcia narodu. Robin Cook oświadczył: "Al Kaida to propagandowy twór CIA".

Po rezygnacji ze stanowisk Cook pozostał aktywnym deputowanym. W ostatnim okresie przewodniczył Centrum Polityki Zagranicznej (Foreign Policy Centre), był także wiceprzewodniczącym organizacji zajmującej się współpracą parlamentu brytyjskiego oraz Kongresu USA – America APPG.

Robin Cook zasłabł podczas wycieczki w górach Szkocji. Zmarł niedługo po przewiezieniu do szpitala w Inverness, prawdopodobnie w wyniku problemów z sercem i nadciśnieniem. Pogrzeb Cooka odbył się 12 sierpnia 2005 w katedrze St Giles w Edynburgu. Mowę pogrzebową wygłosił Kanclerz Skarbu Gordon Brown. Wśród obecnych był m.in. niemiecki minister spraw zagranicznych Joschka Fischer, nie było natomiast premiera Blaira.