W 2003 roku został laureatem przyznanej po raz pierwszy Europejskiej Nagrody Jazzowej (European Jazz Prize), przyznawanej przez austriackie władze państwowe i miasto Wiedeń. W 2004 otrzymał wysokie polskie odznaczenie państwowe: Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski.
W 2005 roku skomponował i nagrał muzykę dla Muzeum Powstania Warszawskiego (Wolność w sierpniu, 2006). Druga połowa pierwszego dziesięciolecia XXI wieku był czasem poszukiwań i nowych składów, czasem nowej młodości w karierze Stańki: rozdział eksperymentów, tworzenia nowych projektów, poszukiwania i próbowania nowych brzmień. W wyniku tych doświadczeń, w 2007 roku zaczął formować się nowy zespół, skandynawski kwintet w składzie: Alexi Tuomarila, Jakob Bro, Aders Christensen i Olavi Louhivuori. W 2009 roku Stańko nagrał z nimi album Dark Eyes (ECM).