W trakcie działań wojennych wzdłuż nasypu na wysokości przystanku zlokalizowano rowy przeciwpancerne.
1945–2010 Po wysadzeniu wiaduktów na trasie przez niemieckich saperów trasa kolejowa, przy której znajdował się przystanek, stała się nieprzejezdna. 13 sierpnia 1946 ogłoszono przetarg na rozbiórkę torowiska. Szyny z Brętowa trafiły na odbudowywaną linię kolejową numer 237. Z czasem przy nasypie pojawiły się ogródki działkowe budowane z elementów znalezionych przy rozebranej trasie kolejowej. Do momentu rozpoczęcia prac nad budową PKM nie zachował się żaden ślad po starej stacji kolejowej.
Od 2010 mały|Budowa przystanku, wiadukt nad ul. Rakoczego, grudzień 2013 mały|Widok na przystanek i wiadukt nad ul. Rakoczego. Pociąg SA136 Szybkiej Kolei Miejskiej stoi przy peronie w kierunku Wrzeszcza, kwiecień 2016 1 września 2015 otwarto stację Gdańsk Brętowo, która powstała w ramach projektu Pomorskiej Kolei Metropolitarnej. Stacja posiada dwa perony, w tym jeden wspólny z tramwajem. Na obu peronach zostały zbudowane szklane wiaty i dwie zewnętrzne przelotowe windy. W ramach inwestycji powstały również parkingi dla samochodów i rowerów oraz kładka nad ulicą Rakoczego. Względem starego przystanku, inwestycja jest zlokalizowana bliżej arterii łączącej Piecki-Migowo z Brętowem.