Kariera uniwersytecka Tom Brady grał w football na Uniwersytecie Michigan w latach 1995-1999. Przez pierwsze dwa lata był rezerwowym rozgrywającym, podczas gdy jego kolega z drużyny - przyszły rozgrywający w NFL - Brian Griese poprowadził Michigan Wolverines w sezonie 1997, w którym drużyna nie doznała żadnej porażki, zakończonego zwycięstwem w Rose Bowl i zdobyciem mistrzostwa kraju. Na samym początku Brady był siódmy na liście rozgrywających, co przekładało się na niewielką liczbę minut na boisku. Brady zatrudnił nawet psychologa sportowego, aby poradzić sobie z frustracją i lękami. Rozważał przeniesienie do programu futbolowego Uniwersytetu Kalifornijskiego w Berkeley, by grać w drużynie California Golden Bears. Regularnie współpracował z trenerem przygotowania fizycznego Gregiem Hardenem nad zbudowaniem pewności siebie oraz polepszeniem skuteczności na boisku. Brady stwierdził w programie "60 Minutes" w 2014 r.: "Zawsze będzie [Harden] kimś, na kim polegam w kwestii dobrych rad i mentorstwa. Pomógł mi z moimi osobistymi problemami zarówno w przygotowaniu fizycznym, jak i w życiu.