35., pod koniec wojny został awansowany do stopnia majora.

W roku 1856 omal nie wygrał wyborów na burmistrza Nowego Orleanu.

23 stycznia 1861 został mianowany komendantem akademii West Point, w lutym 1861 po ogłoszeniu secesji przez Luizjanę zrezygnował ze stanowiska komendanta szkoły i wystąpił z armii.

W marcu 1861 zgłosił się do armii konfederackiej, w stopniu generała brygady został dowódcą obrony Charlestonu w Karolinie Południowej.

12 kwietnia 1861 rozkazał ostrzelać Fort Sumter, strzały te rozpoczęły wojnę secesyjną.

Służył głównie na wschodzie, ale od 17 marca do 7 maja 1862 dowodził Armią Missisipi, a od 16 marca do 26 kwietnia 1865 Armią Tennessee.

Walczył w I bitwie nad Bull Run, następnie został generałem i na początku 1862 wyruszył na zachód, gdzie brał udział w bitwie pod Shiloh. Jesienią 1862 wrócił na wschód i objął dowództwo nad wybrzeżem Konfederacji od Karoliny Północnej po Florydę. Pozostawał na tym stanowisku przez ponad półtora roku. Walczył pod Charleston, w Karolinie Północnej i w Wirginii, wspomagając