Umowa zawarta pomiędzy PKP Cargo a Pesą zakłada zmodernizowanie 20 lokomotyw SU46 na ST46 w ciągu 2 lat.
Konstrukcja ST46 jest zmodernizowaną wersją SU46, stąd większość rozwiązań technicznych pozostało bez zmian.
Podczas modernizacji zastosowano czterosuwowy 12-cylindrowy silnik wysokoprężny MTU 4000 o mocy znamionowej 1500 kW, produkowany przez MTU Friedrichshafen. Pomimo mniejszej pojemności skokowej silnika i znacznie mniejszej masy, jego moc została obniżona do identycznej jak w silniku 2112SSF. Minimalne zmniejszenie mocy z 1500 kW na 1300 kW wiąże się z pozostawieniem oryginalnych silników trakcyjnych nie przystosowanych do większej mocy agregatu, a obecne masy pociągów ciągniętych przez te lokomotywy nie wymagają silniejszych pojazdów (większe na trasach niezelektryfikowanych są ciągnięte przez ST43 lub ST44). Zredukowanie mocy miało też na celu, podobnie jak obniżenie masy własnej pojazdu, zmniejszenie zużycia paliwa. Po modernizacji lokomotywa spełnia normy emisji spalin Euro 3. Jedynie wymontowano elementy ogrzewania składu, która jest zbędna w lokomotywach towarowych. W celu poprawy warunków pracy maszynistów wnętrze kabin jest klimatyzowane