Apsisaurus został opisany w 1991 r. przez Michela Laurina; badania nad budową zachowanych kości okazu holotypowego A. witteri doprowadziły Laurina do wniosku, że gatunek ten należał do diapsydów. Z przeprowadzonej przez Laurina analizy kladystycznej wynikało, że Apsisaurus był taksonem siostrzanym do grupy Neodiapsida (definiowanej przez Laurina jako klad obejmujący ostatniego wspólnego przodka grupy Younginiformes i współcześnie żyjących diapsydów oraz wszystkich jego potomków). Potwierdzenie takiej jego pozycji filogenetycznej czyniłoby z Apsisaurus najstarszego znanego przedstawiciela diapsydów nienależącego do grupy Araeoscelidia.
Późniejsze badania nad synapsydami z grupy Varanopidae wykazały, że były one podobne do bazalnych diapsydów (podobnie jak one były niewielkie, wysmukłe – zwłaszcza w porównaniu ze współczesnymi im przedstawicielami innych grup synapsydów i zauropsydów – i miały smukłe kończyny), oraz że niektóre cechy budowy ciała uznawane za charakterystyczne dla bazalnych diapsydów występowały również u przedstawicieli Varanopidae. Jak się okazało, niektóre owodniowce pierwotnie zaliczone do diapsydów (Archaeovenator, Mesenosaurus, Heleosaurus) w rzeczywistości należały właśnie do Varanopidae. Tym samym niepewna stała się też klasyfikacja Apsisaurus jako diapsyda;