Kariera trenerska Od czerwca 2009 pracował jako trener – wraz z Leszkiem Pokładowskim prowadził zespół rezerw Pogoni Szczecin. Od jesieni 2009 prowadził drużynę juniorów starszych Pogoni. W sierpniu 2010 zastąpił Piotra Mandrysza na stanowisku pierwszego trenera Pogoni (wcześniej był asystentem). 9 listopada 2010 został zwolniony.
Od 19 marca 2013 do 18 grudnia 2014 znów pełnił funkcję asystenta trenera Pogoni – najpierw Dariusza Wdowczyka, a potem Jána Kociana. Poprowadził w kilku meczach zespół w zastępstwie Wdowczyka. 27 stycznia 2015 został p.o. dyrektora sportowego klubu po odejściu Grzegorza Smolnego. 14 czerwca 2018 klub zakończył współpracę ze Stolarczykiem. W latach 2014–2017 pracował w PZPN jako trener młodzieży.
18 czerwca 2018 został zaprezentowany jako nowy trener Wisły Kraków. Jego asystentami zostali Kazimierz Kmiecik, Radosław Sobolewski i Mariusz Jop. 14 listopada 2019 został zwolniony po ośmiu z rzędu porażkach. Jego następcą został Artur Skowronek.