Ochronie ścisłej podlegają 52 taksony (gatunki lub rodzaje) grzybów i 57 taksonów porostówZałącznik nr 1 do rozporządzenia (). Ochronie częściowej podlegał 1 gatunek grzyba (włóknouszek ukośny) i 9 gatunków porostówZałącznik nr 2 do rozporządzenia (). Dla 4 najrzadszych gatunków porostów dodatkowo wyznacza się 50 lub 100 m strefy ochronne wokół ich stanowiskZałącznik nr 4 do rozporządzenia ().
Ochrona grzybów od 2014 r. Aktualne rozporządzenie z dnia 9 października 2014 r. określa gatunki grzybów: objętych ochroną ścisłą, objętych ochroną częściową objętych ochroną częściową, które mogą być pozyskiwane, oraz sposoby ich pozyskiwania, wymagających ustalenia stref ochronnych ich stanowisk.
W stosunku do grzybów objętych ochroną ścisłą zabronione jest: umyślne ich niszczenie; umyślne zrywanie lub uszkadzanie; niszczenie ich siedlisk; pozyskiwanie lub zbiór; przetrzymywanie lub posiadanie okazów; zbywanie, oferowanie do sprzedaży, wymiany lub darowizny okazów gatunków; wwożenie z zagranicy lub wywożenia poza granicę państwa okazów gatunków; umyślne przemieszczania w środowisku przyrodniczym; umyślne wprowadzanie do środowiska przyrodniczego.