Następnie awansował na podpułkownika.

Lata 1946–1977 Po zwolnieniu z wojska rozpoczął pracę w I Klinice Chorób Wewnętrznych UMCS w Lublinie. W latach 1947–1950 pracował jako adiunkt w II Klinice Chorób Wewnętrznych Uniwersytetu Poznańskiego.

W roku 1951 Edward Gorzkowski przeniósł się do Szczecina, gdzie powstawała nowa uczelnia – Pomorska Akademia Medyczna. W roku 1954 otrzymał stanowisko docenta, a w 1967 – profesora zwyczajnego. W latach 1953–1956 był prorektorem PAM ds. klinicznych.

W Akademii w 1948 roku utworzono początkowo Oddział Chorób Wewnętrznych (kier. dr Julian Świątkiewicz), a następnie Klinikę i Katedrę Chorób Wewnętrznych, kierowaną w latach 1948–1950 przez prof. Jakuba Węgierko (pierwszego rektora PAM) i doc. dra hab. med. Stanisława Łuczyńskiego. Edward Gorzkowski objął to stanowisko w roku 1951 (początkowo jako zastępca profesora). Utworzył w Klinice nowe pracownie – biochemiczną i hematologiczną oraz specjalistyczne gabinety: chorób obwodowych naczyń krwionośnych, diabetologiczny i hematologiczny.