Częstokroć na tego typu przedstawieniach Chrystus wisi nie na krzyżu, lecz na drzewie, lub krzyżu imitującym kształt drzewa. Z pnia wyrastają konary i gałęzie, które przybierają stylizowaną formę. Pośrodku ukazywano Chrystusa, zaś na końcówkach gałęzi proroków i patriarchów. Forma jest aluzją do biblijnego Drzewa Poznania (Lignum vitae). Przykładem jest krucyfiks z dawnego kościoła Dominikanów w Toruniu, obecnie w kościele Św. Jakuba, farze toruńskiego Nowego Miasta.
Częstokroć krucyfiks mistyczny przybiera formę łączącą drzewo i krzyż. Boczne ramiona mają esoidalne wygięcia, na nich znajdują się pęki lub odrosty gałęzi. Przykładem jest tympanon portalu północnego w kolegiacie Świętego Krzyża na Ostrowie Tumskim we Wrocławiu, gdzie ukazana jest Trójca Święta w typie Tronu Łaski (Bóg Ojciec trzyma w rękach krzyż mistyczny z Chrystusem, ponad Nim gołębica Ducha Świętego) adorowana przez parę książęcą Henryka Probusa i Matyldę Brandenburską.
Jednym z typów krucyfiksu mistycznego jest krucyfiks widlasty, w formie uproszczonego drzewa o dwóch rozgałęzieniach, charakteryzujący się mocnym ładunkiem ekspresji, doloryzmu.