W kampanii wrześniowej w 1939 Aleksander Bocheński walczył w 22 pułku ułanów Karpackich. Przez kilka miesięcy więziony przez NKWD w Brodach, następnie zwolniony. Wyjechał do Krakowa, gdzie związał się z sanacyjną grupą „Wawel”, która wraz z kilkoma innymi organizacjami uczestniczyła w tworzeniu Konfederacji Narodu (KN). Podczas II wojny światowej najbliżej współpracował z Adamem Ronikierem oraz Radą Główną Opiekuńczą, choć formalnie nie należał do tej organizacji. Uczestniczył w negocjacjach z OUN-B dotyczących zaprzestania mordów na ludności polskiej. W 1944 roku prowadził rozmowy grupy krakowskiej ze stroną niemiecką (sierpień–wrzesień) w sprawie powstania warszawskiego, zmierzające do ewakuacji ludności cywilnej. Po upadku powstania wszedł w skład Biura Studiów powołanego w październiku 1944 w Krakowie przez Adama Ronikiera jako zalążek kolaboracyjnego samorządu polskiego, który miał organizować aprowizację dla Trzeciej Rzeszy w ostatniej fazie wojny.