W 1989 przeszedł z Zakładu Filozofii do Zakładu Filozofii Religii, którego kierownikiem został dwa lata później. Tytuł naukowy profesora otrzymał w 1990. Zakładem Filozofii Religii kierował do 1998.
W 1997 przeszedł na emeryturę, nadal jednak prowadząc zajęcia – w 1998 Rada Naukowa Wydziału Filozofii i Socjologii UW nie przedłużyła mu jednak umowy o pracę. Jako przyczynę Wolniewicz podał niegodzenie się na decyzje o obniżaniu poziomu nauczaniaProfesor Bogusław Wolniewicz o studiach – YouTube., który sam Wolniewicz z kolei miał zawyżać. Poświęcił się odtąd pracy naukowo-badawczej. W pierwszym semestrze roku akademickiego 2008/2009 powrócił do IF UW i wygłosił gościnnie semestralny wykład monograficzny nt. Wittgensteina, jako były profesor uczelni.
Działalność publiczna W 1955 złożył wniosek o członkostwo w Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej i został do niej przyjęty w 1956. Pełnił funkcję I sekretarza Komitetu Uczelnianego PZPR w Wyższej Szkole Pedagogicznej w Gdańsku. Członkiem PZPR (mimo niechęci wobec rządów Gierka) pozostał do 1981. Do 1998 wykładał na Wydziale Filozofii i Socjologii UW.