Czeka przeprowadzała wysiedlenia i konfiskaty mienia, ścigała przestępstwa pospolite, walczyła ze spekulacją, pełniła funkcję cenzora prasy i wydawnictw, zajmowała się bezpośrednią ochroną rządu i partii.
Po pierwszych aresztowaniach ludowy komisarz (minister) sprawiedliwości Isaak Sztejnberg zwolnił aresztantów i zażądał uzgadniania z nim działań CzK. Spór kompetencyjny Rada Komisarzy rozstrzygnęła na rzecz czekistów, Komisja miała jedynie powiadamiać resorty sprawiedliwości i spraw wewnętrznych o aresztowaniach mających ważne polityczne znaczenie (a fortiori aresztowania pozbawione takiego znaczenia były zwolnione spod wszelkiego nadzoru). Rada miała też rozwiązywać konflikty między Komisją i wymiarem sprawiedliwości, wniesienie skargi nie wstrzymywało zaskarżonego działaniaUchwała z В. И. Ленин и ВЧК. Сборник документов Moskwa 1975, Dok nr 23.. Później na wniosek Sztejnberga Rada Komisarzy zarezerwowała prowadzenie śledztw dla komisji przy Trybunale, CzK miała zaś skupić całość prac ścigania, powstrzymywania i zapobiegania przestępczościВ Чрезвычайной комиссии концентрируется вся работа розыска, пресечения и предупреждения преступлений, uchwała z Tamże, Dok nr 35..