W sierpniu 1918 podporządkowanie Komisji zostało zmienione, podobnie nazwa – zmieniona na Wszechrosyjską Nadzwyczajną Komisję do Walki z Kontrrewolucją, Spekulacją i Przestępstwami Nadużycia Władzy.
Kierownictwo WCzK i główna siedziba Na czele kolegium komisji stanął Polak, z pochodzenia szlachcic, bardzo doświadczony w pracy konspiracyjnej – Feliks Dzierżyński, szybko zyskał sobie (nie bez powodu) przydomek Żelazny Feliks i poparcie Lenina, który doceniał takich ludzi. Potrzebni mu byli do sterroryzowania społeczeństwa, przywrócenia totalnej kontroli nad nową powstałą Robotniczo-Chłopską Armią Czerwoną i zaprowadzenia porządku w Rosji Bolszewickiej rozdartej przez I wojnę światową oraz bardzo krwawą wojnę domową za pomocą bezwzględnego terroru. Pokazywał bezwzględność co do pokonanych wrogów rozstrzeliwaniem zakładników, masowymi egzekucjami. Dzierżyński sprawował stanowisko przewodniczącego WCzK z małymi przerwami do 6 lutego 1922 roku.