Ponadto po wkroczeniu Niemców do Skępego (8 września) aresztowano i osadzono w więzieniu w Lipnie wszystkich Polaków, którzy konwojowali internowanych volksdeutschów do Włocławka. Część z nich wypuszczono później po zapłaceniu okupu.
W październiku 1939 powiat lipnowski został wcielony do Rzeszy jako część rejencji kwidzyńskiej Okręgu Gdańsk-Prusy Zachodnie. Namiestnik Rzeszy Albert Forster początkowo sprzeciwiał się włączeniu obydwu powiatów Ziemi Dobrzyńskiej (lipnowskiego i rypińskiego) do swojej prowincji, gdyż uważał, że zamieszkująca je ludność polska nie posiada predyspozycji do zniemczenia (Lipno i Rypin należały przed 1918 do zaboru rosyjskiego). Ostatecznie władze III Rzeszy podjęły jednak decyzję o aneksji Ziemi Dobrzyńskiej, a Forster uzyskał w zamian zgodę na wcielenie sześciu zachodnich powiatów Prus Wschodnich do Okręgu Gdańsk-Prusy Zachodnie. Na anektowanych terenach przystąpiono do zacierania wszelkich śladów polskości. Jesienią 1939 Niemcy zniszczyli m.in. monumentalny pomnik poświęcony mieszkańcom Lipna poległym w walce wolność i niepodległość Polski w latach 1918–1920 (wzniesiony w 1930 w parku im. Narutowicza w Lipnie).