Latem 2008 Núñez przeniósł się do drugoligowego Club Tijuana, gdzie z kolei od razu został kluczowym ogniwem formacji defensywnej. W wiosennym sezonie Clausura 2009 dotarł z nim do finału rozgrywek Primera División A, zaś w sezonie Apertura 2010 triumfował z Tijuaną w drugiej lidze. Pół roku później, w sezonie Clausura 2011, ponownie dotarł do finału drugoligowych zmagań, natomiast na koniec rozgrywek 2010/2011 wywalczył z ekipą historyczny awans do najwyższej klasy rozgrywkowej. Wciąż mając niepodważalne miejsce w pierwszej jedenastce, w sezonie Apertura 2012 zdobył z drużyną Antonio Mohameda pierwszy w historii Tijuany (a drugi w swojej karierze) tytuł mistrza Meksyku.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 2002/2003 Atlético Mexiquense
Ascenso MX 2 1 2003/2004 Atlético Mexiquense
Ascenso MX 20 0 2004/2005 Atlético Mexiquense
Ascenso MX 5 1 2004/2005 Deportivo Toluca
Liga MX 13 0 2005/2006 Deportivo Toluca
Liga MX 1 0 2006/2007 Deportivo Toluca
Liga MX 1 0 2006/2007 Atlético Mexiquense
Ascenso MX 32 1 2007/2008 Atlético Mexiquense
Ascenso MX 23 1 2008/2009 Club Tijuana
Ascenso MX 38 1 2009/2010 Club Tijuana
Ascenso MX 26 2 2010/2011 Club Tijuana
Ascenso MX 27 0 2011/2012 Club Tijuana