Gałęzie proteomiki Rozdzielanie białek – większość badań proteomicznych nie może obejść się bez wstępnego rozdzielenia mieszaniny białek. Używane do tego metody to m.in. elektroforeza jedno- lub dwuwymiarowa oraz chromatografia. Identyfikacja białek – mało wydajną i coraz rzadziej stosowaną metodą do określania sekwencji aminokwasowej białka jest degradacja Edmana. Obecnie najczęściej stosuje się metody wysoko przepustowe oparte na spektrometrii mas w połączeniu z białkowymi bazami danych oraz programami do sekwencjonowania de novo. Używa się również metod immunologicznych. Ilościowe pomiary białek (proteomika różnicowa) – używa się w nich metod opartych na elektroforezie żelowej, z zastosowaniem różnorodnych barwników (np. różnicowa elektroforeza żelowa) lub metod opartych na spektrometrii mas i chromatografii. Analiza sekwencji białka – dziedzina ta jest silnie związana z bioinformatyką i przeszukiwaniem baz danych w celu znalezienia konkretnego białka lub peptydu.