Sezon 1993/1994 był dla niego szczególnie udany. Drużyna zajęła 6. miejsce w tabeli Premier League, wyprzedzając takie drużyny jak Liverpool, Everton, czy Tottenham, a sam Kinnear został 3-krotnie wybrany trenerem miesiąca.
W 1996 roku Kinnear odrzucił propozycję objęcia posady selekcjonera reprezentacji Irlandii, wakującej po zwolnieniu Jacka Charltona. Rok później poprowadził Wimbledon do półfinałów Pucharu Anglii oraz Pucharu Ligi Angielskiej, a w lidze uplasował się na 8. miejscu.
Kinnear pracował w Wimbledonie przez kolejne 2 sezony, zanim w marcu 1999 roku doznał ataku serca, przed ligowym spotkaniem z Sheffield Wednesday.
Luton Town W 2000 roku został zatrudniony jako dyrektor sportowy Oxford United, jednak już w styczniu 2001 zrezygnował z posady, tłumacząc się problemami zdrowotnymi. Kilka tygodni później zastąpił Lila Fuccillo w roli trenera trzecioligowego Luton Town, jednak nie udało mu się uchronić drużyny przed spadkiem z ligi.
W następnym sezonie, z takimi zawodnikami jak Chris Coyne i Steve Howard w składzie, drużyna z powrotem awansowała do trzeciej ligi.
W maju 2003 roku po tym, jak drużyna zajęła 9.