+ Udział krajów naddunajskich w kilometrach biegu rzeki prawy brzeg obustronnie lewy brzeg kraj km % km km % Niemcy 687,00 658,6 23 658,6 687,0 24 Austria 357,50 357,5 12 321,5 321,5 11 Słowacja 172,06 22,5 1 22,5 172,1 6 Węgry 417,20 417,2 14 275,2 275,2 10 Chorwacja 137,50 137,5 5 0,0 0,0 0 Serbia 587,35 449,9 16 220,5 358,0 12 Rumunia 1075,00 374,1 13 319,6 1020,5 35 Bułgaria 471,55 471,6 16 0,0 0,0 0 Mołdawia 0,57 0,0 0 0,0 0,6 0 Ukraina 53,94 0,0 0 0,0 53,9 2 (Źródło: Komisja Dunajska, Budapeszt, styczeń 2000 – marzec 2004)
thumb|center|Bieg Dunaju
Niemcy thumb|Symboliczne źródło Dunaju w Donaueschingen Dunaj powstaje 1,4 km na wschód od Donaueschingen poprzez połączenie się dwóch potoków, i . Tradycyjnie jako źródło Dunaju zwykło się traktować źródło tworzące sadzawkę w samym Donaueschingen, geograficznie jednak jest nim źródło Breg w Furtwangen.
thumb|Dunaj przy Wielkim Moście w Tuttlingen thumb|Dunaj w Ulm (widok z katedry)
Na terytorium Niemiec Dunaj płynie od swojego źródła przez 687 km do granicy niemiecko-austriackiej i jest dzięki temu trzecią najdłuższą rzeką Niemiec po Renie i Łabie. Na brzegach Dunaju rozłożone są liczne spore miasta, jak na przykład: Tuttlingen, Sigmaringen, Ulm, Neu-Ulm, Neuburg nad Dunajem, Ingolstadt, Ratyzbona, Straubing oraz Pasawa.