Od maja 2006 do 8 listopada 2007 zajmował stanowisko ministra finansów w rządzie premiera Manasseha Sogavare. Wszedł jednakże w konflikt z szefem rządu. W rezultacie 8 listopada 2007 został zdymisjonowany i przeniesiony na stanowisko ministra sprawiedliwości i spraw prawnych. Jednak już 10 listopada 2007 został usunięty również z tego urzędu i całkowicie utracił miejsce w gabinecie. Premier Sogavare zarzucił mu działania dążące do zmiany rządu, złe zarządzanie środkami publicznymi w Ministerstwie Finansów oraz brak postępów we wdrażaniu programów pomocowych dla ofiar trzęsienia ziemi i tsunami w Prowincji Zachodniej oraz Prowincji Choiseul.
22 grudnia 2007, dwa dni po uchwaleniu wotum nieufności wobec rządu premiera Sogavare, objął stanowisko ministra środowiska i ochrony przyrody w nowym gabinecie premiera Dereka Sikui. Zajmował je do 22 kwietnia 2010, gdy został zdymisjonowany przez premiera razem z 4 innymi ministrami pod zarzutem obstrukcji parlamentarnej, w rezultacie czego parlament nie przyjął ustawy o partiach politycznych. Lilo był nieobecny w trakcie głosowania nad ustawą.
W wyniku wyborów parlamentarnych, 4 sierpnia 2010 po raz trzeci zdobył mandat deputowanego.