W styczniu 2008 objął funkcję trenera drugoligowej drużyny Club Tijuana, z którą w wiosennym sezonie Clausura 2009 dotarł do finału rozgrywek Liga de Ascenso. W 2011 roku był asystentem José Guadalupe Cruza w ekipie Jaguares de Chiapas z siedzibą w mieście Tuxtla Gutiérrez, a w późniejszym czasie powrócił do najwyższej klasy rozgrywkowej w roli pierwszego trenera, wiosną 2012 prowadząc już po raz drugi Deportivo Toluca, lecz z przeciętnym skutkiem.
W czerwcu 2013 Graniolatti został szkoleniowcem klubu, z którym odnosił największe sukcesy w karierze piłkarskiej – Atlante FC, mającego już siedzibę w mieście Cancún. Jego powrót do tego zespołu okazał się jednak rozczarowaniem; nie zdołał zwyciężyć w żadnym z ośmiu ligowych spotkań i został zwolniony już po trzech miesiącach. Przez kolejne półtora roku pozostawał bez pracy, po czym w marcu 2015 po raz kolejny objął zespół Atlante, który w międzyczasie spadł do drugiej ligi meksykańskiej.