Jana III Sobieskiego, z której bardzo szybko – z powodów zdrowotnych – musiał zrezygnować.

Za namową Józefa Kallenbacha 8 października 1891 r. wyjechał do Fryburga, gdzie objął katedrę filologii klasycznej na tamtejszym uniwersytecie. Jego łacińska elokwencja wzbudzała podziw nie tylko wśród studentów słuchających jego łacińskich wykładów, lecz również wśród wykładających po łacinie teologię oo. Dominikanów, którzy (według relacji prof. Sinki), słysząc jego swobodę i płynność w posługiwaniu się tym językiem, słupieli wręcz ze zdumienia. W tymże samym roku w Krakowie zmarł Maksymilian Iskrzycki, zwalniając tym samym katedrę filologii klasycznej UJ, której objęcie zaproponowało Miodońskiemu ministerium w Wiedniu. Ten jednak – biorąc pod uwagę stan swojego zdrowia i różnice zainteresowań (Miodoński był latynistą, a Iskrzycki hellenistą) – odesłał do ministerstwa rezygnację. W odpowiedzi – zapewne za interwencją Morawskiego, który chciał pozyskać cenionego już wtedy filologa dla UJ – dostał depeszę, że jego nominacja na to stanowisko została już podpisana przez cesarza. Ostatecznie w 1892 roku objął katedrę w UJ. Nie czuł się tam jednak zbyt dobrze i już 15 grudnia 1892 roku prosił Kallenbacha o interwencję w jego sprawie, pytając, czy powrót do Fryburga na zajmowane wcześniej stanowisko byłby możliwy.