W I połowie XVIII wieku katolików dotknęły prześladowania, które nie ominęły również wikariatu apostolskiego Fujianu. W tym okresie dwóch tutejszych ordynariuszy - bp Piotr Sans i Yordà OP i bp Franciszek Serrano OP, zostało aresztowanych i następnie zamordowanych przez władze. Znaleźli się oni wśród grupy 120 męczenników chińskich kanonizowanych przez Jana Pawła II w 2000.
3 października 1883 zmieniono nazwę na wikariat apostolski Północnego Fujianu.
3 grudnia 1883 odłączono część parafii, które utworzyły wikariat apostolski Amoy (obecnie diecezja Xiamen).
27 grudnia 1923 ponownie zmieniono nazwę na wikariat apostolski Fuzhou. Tego dnia odłączono prefekturę apostolską Tingzhou (obecnie diecezja Tingzhou) i wikariat apostolski Funing (obecnie diecezja Funing).
18 lipca 1929 utracono część terytorium na rzecz nowo powstałej misji “sui iuris” Shaowu (obecnie prefektura apostolska Shaowu), a 6 maja 1931 na rzecz misji “sui iuris” Jianningfu (obecnie prefektura apostolska Jian’ou).
W wyniku reorganizacji chińskich struktur kościelnych 11 kwietnia 1946 wikariat apostolski Fuzhou podniesiono do godności diecezji.
Z 1950 pochodzą ostatnie pełne, oficjalne kościelne statystyki.