Oficerowie Waffen-SS aresztowali prefekta morskiego Tulonu, wiceadmirała André Marquisa. Około 5.20 sforsowane zostały bramy prowadzące do bazy marynarki. 10 minut później admirał de Laborde nadał z pokładu swego okrętu flagowego, pancernika „Strasbourg”, sygnał nakazujący wykonanie akcji samozatopienia.
Załogi francuskich okrętów rozpoczęły działania w pośpiechu, by zdążyć dokonać zniszczeń przed nadejściem Niemców. Poza otwarciem zaworów dennych na części okrętów detonowano ładunki wybuchowe, uszkadzano elementy urządzeń napędowych, systemów kierowania ogniem i części uzbrojenia: zamki i lufy dział, demolowano wyposażenie pomostów. Najpoważniej zniszczone zostały krążowniki „Algérie”, „Colbert” i „La Marseillaise”. „Strasbourg” osiadł na dnie basenu portowego na równej stępce, z pokładem wystającym ponad powierzchnię wody. Admirał de Laborde pozostał na jego mostku w geście protestu przeciwko niemieckiej okupacji, aż do otrzymania wyraźnego rozkazu zejścia z okrętu, wydanego osobiście przez marszałka Pétaina. Na bliźniaczej „Dunkerque”, stojącej w suchym doku, gdzie prowadzono naprawy po uszkodzeniach odniesionych w Mers el-Kébir, załoga zniszczyła najważniejsze elementy uzbrojenia i wyposażenia. Zatopiony został także trzeci z pancerników bazujących w Tulonie, również uszkodzony stary .