Zespół na początku 2005 po raz pierwszy wsparł trasę Taste of Chaos, a także otwierał koncerty zespołu Green Day podczas ich tournée American Idiot World Tour (2004–2005). Latem tego samego roku koncertowali z Fall Out Boy na Warped Tour 2005. W 2006 odbyli trasę z Alkaline Trio i Reggie and the Full Effect po Stanach Zjednoczonych. W tym samym roku wraz z zespołem The Used nagrali cover zespołu Queen i Davida Bowiego "Under Pressure".
21 marca 2006 wydali album audio-wideo pt. Life On the Murder Scene, na którym umieścili m.in. swój pamiętnik, nagrania z koncertów i filmy nakręcone na planach teledysków. 27 czerwca tego samego roku premierę miało nieautoryzowane DVD biograficzne zespołu pt. Things That Make You Go Mmmm!, które zawiera wywiady z osobami, które znały zespół jeszcze przed ich światowym rozgłosem.
The Black Parade (2006–2007) Nagrywanie trzeciego albumu studyjnego zespół rozpoczął 10 kwietnia 2006. W nagraniach wziął udział Rob Cavallo, producent wielu płyt zespołu Green Day. Album początkowo miał nosić tytuł The Rise and Fall of My Chemical Romance, ale Gerard Way wyjaśnił w wywiadzie dla branżowego czasopisma „Kerrang!”, że „to nigdy nie był tytuł albumu, lecz bardziej bujda albo żart”.