Przed wybuchem wojny swoje prace prezentował na Pierwszej Ogólnopolskiej Wystawie Grafiki Myśliwskiej (Poznań 1938, Andrzej Rudziński, Józef Pakulski: teka grafik barwnych „Łowy”) oraz na dwóch wystawach zagranicznych, organizowanych przez Blok ZAP (drzeworyty wystawiane w 1939 roku w Londynie i Sztokholmie).

W latach 1939–1944 był nauczycielem w tajnej Szkole Plastycznej i działał w podziemnych organizacjach wojskowych. W 1942 roku został żołnierzem Armii Krajowej. W następnym roku ożenił się z Heleną Latkowską (14 września 1943), również żołnierzem AK (ps. „Czarna Helka”).

W czasie powstania warszawskiego walczył, pod ps. „Wilczyński” i „Wilk”, w Rejonie 4 (Śródmieście północno-zachodnie). Był adiutantem dowódcy rejonu, mjr Stanisława Steczkowskiego (ps. „Zagończyk”) oraz w dowództwie Batalionu Rum. Po upadku powstania przebywał w obozie jenieckim w Murnau (Oflag VII A). Dowództwo AK trzykrotnie uhonorowało Rudzińskiego Krzyżem Walecznych. Został też odznaczony Srebrnym Krzyżem Zasługi z Mieczami.