11 maja 1941 w zamkniętej katedrze lwowskiej przyjął z rąk bp. Eugeniusza Baziaka święcenia prezbiteratu. Mszę prymicyjną odprawił w parafii Wniebowzięcia NMP w Buczaczu, a następnie 2 czerwca 1941 został wikariuszem w parafii św. Wacława w Baworowie. 2 listopada 1943 doszło tam do napadu Ukraińskiej Powstańczej Armii (UPA), w wyniku którego zamordowano proboszcza ks. Karola Procyka i organistę Szymona Wiśniewskiego, natomiast ks. Rutyna zdołał zbiec, wydostając się przez okno. Po tym wydarzeniu został administratorem parafii.

Po zakończeniu II wojny światowej i zmianach polityczno-administracyjnych na Kresach Wschodnich zmuszony był w czerwcu 1945 do ich opuszczenia, przybywając na Śląsk Opolski. Tutaj został skierowany do posługi duszpasterskiej na ziemi prudnickiej. Początkowo odprawiał msze dla Polaków w Prudniku i okolicznych parafiach wiejskich. Udał się do Łąki Prudnickiej, a następnie został proboszczem w Mieszkowicach, po czym skierowano go do parafii Trójcy Świętej w Rudziczce. 15 lipca 1945 odprawił pierwszą mszę w języku polskim w Niemysłowicach. W okresie (1945–1958) był proboszczem parafii św. Michała Archanioła w Szybowicach, gdzie prowadził także własne gospodarstwo rolne. Otrzymał pełnomocnictwo sprawowania opieki duszpasterskiej na całym terenie prudnickim.