Polega na przypisywaniu odnalezionym genom (a właściwie ich białkowym produktom) funkcji i roli jaką pełnią w komórce oraz określa wszystko co może być dokonane w sekwencji genomu za pomocą obliczeń.
Adnotacja dzieli się na trzy główne etapy: identyfikacja fragmentów genomu, które nie kodują białek identyfikacja elementów genomu kodujących białka – proces zwany przewidywaniem genów przyłączanie biologicznych informacji do danych elementów.
Istnieje wiele różnych organizacji w świecie nauki, których jednym z głównych przedsięwzięć jest adnotacja genomów. Efektem ich pracy są powszechnie dostępne biologiczne bazy danych. Są to między innymi: GENCODE GeneRIF RefSeq ENCyclopedia Of DNA Elements (ENCODE) Ensembl Uniprot Entrez Gene Vertebrate and Genome Annotation Project (Vega)
Obliczenia dotyczące relacji ewolucyjnych Biologia ewolucyjna zajmuje się badaniem pochodzenia gatunków od wspólnych przodków, ich zmianami i różnicowaniem w czasie. Stara się wyjaśnić przystosowania organizmów do środowiska oraz przyczyny ich zróżnicowania.