Okres wojny W kampanii wrześniowej zginęli dwaj jego bracia – Leonard i Witold. Ksiądz Lucjan pozostał w Pabianicach, od 6 grudnia 1939 pracując jako wikariusz w parafii św. Mateusza i kapelan szpitala przy ulicy Żeromskiego. Zaangażował się też w działalność konspiracyjną. Prowadził tajne nauczanie w domu rodzinnym. Udzielał sakramentów i odprawiał msze św. w prywatnych mieszkaniach. Został kapelanem Szarych Szeregów i Armii Krajowej. Redagował podziemną gazetkę „Na zachodnim szańcu”. Za tę działalność 6 lutego 1943 został wraz z pozostałymi członkami rodziny Jaroszków aresztowany. W wyniku tego siostra zginęła w obozie w Auschwitz. Matka została zakatowana w więzieniu przy ul. Sterlinga. Ojciec, osadzony w Mauthausen-Gusen, przeżył wprawdzie obóz, ale zmarł wkrótce po powrocie z niego. Ks. Lucjan z całej rodziny został przy życiu sam. Początkowo więziony przy ulicy Sterlinga w Łodzi, po pięciu miesiącach trafił do obozu w Mauthausen, oznaczony numerem 31760, gdzie pracował w kamieniołomach. W sierpniu 1943 został przewieziony do pracy w fabryce samolotów Wiener-Neudorf w Austrii. 1 grudnia 1944 znalazł się w obozie koncentracyjnym Dachau, w bloku 28 (bloku polskich księży – tam też spotkał się ze swoim największym przyjacielem ks. Stanisławem Świerczkiem). Otrzymał numer obozowy 134376. Był to najcięższy okres w jego życiu.