W 1934 roku został wybrany do rady miejskiej, która jednogłośnie wybrała go burmistrzem Wieliczki. Pełnił tę funkcję do wybuchu II wojny światowej. W 1935 roku, podczas strajku górników w kopalni soli pośredniczył w rozmowach pomiędzy zarządem kopalni a strajkującymi. We wrześniu 1939 roku został ewakuowany do Lwowa. Po zajęciu miasta przez wojska radzieckie odmówił przyjęcia obywatelstwa ZSRR. W 1940 roku został zesłany wraz z żoną i trójką dzieciNajstarszy syn Józefa Jagielskiego, Stanisław, przedostał się do Wielkiej Brytanii, został cichociemnym, był zrzucony w rejonie Lublina w 1942 roku, uwięziony przez gestapo w grudniu 1943 roku i stracony 6 marca roku następnego. na Ural. Pracował między innymi przy wyrębie lasów. Na mocy układu Sikorski-Majski został zwolniony i przedostał się do miejsca formowania 5 Dywizji Piechoty. Ewakuowany wraz z nią do Iranu, przez Indie trafił do Afryki Wschodniej. Osadzony z rodziną w obozie uchodźców w Tengeru, zorganizował tam polską szkołę, pełniąc także funkcję inspektora szkolnego dla innych obozów uchodźców w Afryce.
Po likwidacji polskiego osiedla w 1947 roku zdecydował się na powrót do kraju.