Ostatnimi dochodzeniami jakimi zajmowała się Centrala Badania Zbrodni Narodowosocjalistycznych był głośny medialnie proces Iwana Demianiuka„FAZ”: będą kolejne procesy o zbrodnie wojenne., członka utworzonej przez Niemców ukraińskiej policjijewish.org.pl.. W procesie świadkiem był SS-man Samuel Kunz, który nadzorował strażników w niemieckim obozie zagłady w BełżcuMagdalena Dercz: Samuel Kunz – czy ostatni esesman z Bełżca stanie przed sądem? Panorama, 2010-08-23.. W latach 70. uniewinniono komendanta SS–Hauptsturmführera Karla Streibela z obozu SS w Trawnikach, gdzie Demianiuk był szkolonyJak przez 70 lat Niemcy ścigali nazistów. wywiad Bartosza Wielińskiego z dr Annette Weinke, specjalistką od historii nazizmu na uniwersytecie w Jenie, Gazeta Wyborcza, 2010-03-17..
Kontrowersje wokół instytucji Pierwszy głośny skandal wokół instytucji miał miejsce w latach 60. po ujawnieniu przez niemieckie media przynależności szefa centrali Erwina Schüle do bojówek SAEdmund Męclewski: „Spadkobiercy rzeszy”, KAW, Warszawa 1978, s. 241 „Ściganie czy ochrona zbrodniarzy?”. i NSDAP. Ustąpił on z zajmowanej funkcji w 1966Wolfram Wiesemann: 50 Jahre Aufklärung von NS-Verbrechen. w: Einsicht 01, Bulletin des Fritz Bauer Instituts, 1 (2009), s.