W rok później powrócił do USA by objąć dowodzenie nad Flotyllą Nowojorską. Gdy pod koniec roku 1807 zaczęła obowiązywać ustawa o embargo, Rodgers prowadził operacje mające na celu wykonanie jej postanowień wzdłuż wybrzeża atlantyckiego.

W 1811 roku, gdy znajdował się na USS „President” w pobliżu Annapolis, dowiedział się, że amerykański marynarz został siłą wcielony do Royal Navy przez dowódcę fregaty brytyjskiej w okolicach Sandy Hook w stanie New Jersey. Oficjalnie zadaniem komodora Rodgersa była „ochrona amerykańskiego handlu morskiego”, ale nie jest wykluczone, że otrzymał słowną instrukcję umożliwiającą mu stosowanie środków odwetowych wobec uprowadzania siłą obywateli brytyjskich z pokładów statków amerykańskich, co wywoływało niesnaski i ostatecznie doprowadziło do wybuchu wojny roku 1812. 16 maja wypatrzył i zaczął ścigać slup brytyjski HMS „Little Belt” (biorąc go początkowo za fregatę), okręty znalazły się w zasięgu swych dział dobrze po zapadnięciu zmroku. Około godziny 22:15 obaj kapitanowie zażądali od siebie nawzajem zidentyfikowania statków i obaj zignorowali pytanie. Każdy z nich twierdził później, że to on zadał pytanie pierwszy. Wkrótce potem padł strzał, ale i tu nie ma zgodności kto oddał ten strzałIan W. Toll, Six Frigates, s. 321–323..