Pewna zmiana tej polityki nastąpiła w lutym 1942, gdy z inicjatywy władz rozpoczęto tworzenie narodowego chorwackiego Kościoła prawosławnego, alternatywnego wobec kanonicznie działającej na terytorium Chorwacji Cerkwi Serbskiej. Na jego czele zgodził się stanąć duchowny Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego poza granicami Rosji, emerytowany arcybiskup Hermogen (Maksimow). Przyjął on godność metropolity nadaną mu przez patriarchę rumuńskiego Nikodema. Przyjęcie przez Hermogena urzędu metropolity Zagrzebia w sytuacji, gdy kanoniczny zwierzchnik metropolii zagrzebskiej Serbskiego Kościoła Prawosławnego metropolita Dosyteusz znajdował się w więzieniu ustaszy sprawiło, że zwierzchnik Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego poza granicami Rosji metropolita Anastazy oficjalnie potępił decyzję Hermogena, a gdy ten podjął działalność duszpasterską w Chorwacji – ogłosił pozbawienie go stanu duchownego. Jedynym Kościołem prawosławnym, który uznawał Cerkiew chorwacką za kanoniczną, był - z pobudek politycznych - Patriarchat Rumunii.

Kościół zachowywał pełną lojalność wobec rządu ustaszy w Niepodległym Państwie Chorwackim.