23 lutego 1941, podczas spotkania w Luboniu, założono organizację o nazwie Komunistyczna Partia Polski, której Pasikowski został skarbnikiem Komitetu Okręgowego i otrzymał polecenie zorganizowania konspiracyjnej sieci partyjnej w zakładach imienia Cegielskiego. Od kwietnia 1942 kierował życiem podziemnym wszystkich grup Polskiej Partii Robotniczej (PPR) działających w Poznaniu i okolicy. W końcu kwietnia 1943, po aresztowaniu Jakuba Przybylskiego, został sekretarzem Komitetu Miejskiego PPR w Poznaniu, obejmującego także powiat poznański. Z jego inicjatywy został zorganizowany aparat kierowniczy PPR, wzrósł werbunek członków, powstały dwa dalsze komitety partyjne w mieście, utworzono Komitet Młodzieżowy PPR, wzmożono akcję sabotażową, uruchomiono szkolenie w zakresie dywersji i działań zbrojnych, doprowadzono do powstania dowództwa Gwardii Ludowej na powiat poznański i zaczęło się ukazywać tajne pismo poznańskiej PPR pod tytułem „Głos Poznania”.