13 czerwca 1940, tj. w przeddzień planowanego transportu, wyznaczonych do wywózki więźniów wywołano z cel. W godzinach popołudniowych przewieziono ich samochodami ciężarowymi do żydowskiej łaźni, gdzie zostali poddani kąpieli i dezynfekcji odzieży. O świcie 14 czerwca więźniów wyprowadzono z mykwy na Plac pod Dębem (obecnie pl. Bohaterów Getta), uformowano w kolumnę, po czym pod silną eskortą policji niemieckiej poprowadzono wyludnionymi ulicami Wałową i Krakowską w kierunku tarnowskiego dworca kolejowego. Mieszkańcy Tarnowa mogli obserwować ten pochód wyłącznie zza okien swoich domów. Po dotarciu na rampę towarową więźniów wtłoczono do uprzednio podstawionych wagonów. Więźniów nie poinformowano, jaki jest punkt docelowy podróży.
Z tarnowskiego więzienia wybrano do transportu 753 osoby, lecz do KL Auschwitz dotarło ostatecznie tylko 728 więźniów. Wiadomo, że w ostatniej chwili, tuż przed załadunkiem do wagonu, jedna osoba została wycofana z transportu. Losu pozostałych 24 więźniów nie udało się dotąd przekonująco wyjaśnić. Spekulowano, że zdołali oni uciec lub także zostali wycofani z transportu. Relacje kilku więźniówJana Stojakowskiego, Edwarda Geisslera i Władysława Piłata. wskazują, że Niemcy mogli zawrócić z powrotem do więzienia grupę aresztantów ze Stalowej Woli.